Einige Arten haben ein sehr eng begrenztes Verbreitungsgebiet und sind schon deshalb gefährdet. Besonders in Neuguinea sind die Lebensräume im Regenwald durch die Intensivierung von Bergbau sowie durch verstärkte Umsiedlungen und damit verbundene Abholzung, Straßenbau, Landwirtschaft (Palmölplantagen!) und eingeschleppte Arten akut bedroht.

Die Aquaristik ist dagegen keine Bedrohung, da praktisch keine Wildfänge im Handel sind. Die wenigen populären Arten werden überwiegend in Südostasien kommerziell nachgezogen. Die meisten der im Hobby vorhandenen Arten stammen ursprünglich nur von einigen Wildfang-Exemplaren ab, die von Liebhabern (z.B. innerhalb der IRG) seit Jahren bzw. Jahrzehnten immer wieder vermehrt und weiterverteilt werden.

Für viele Regenbogenfische gibt es keine allgemein anerkannten deutschen Namen. Es werden zwar manchmal fantasievolle Namen verwendet, die sind aber nicht eindeutig.

Für Iriatherina werneri gibt es z.B. 5 verschiedene deutsche Bezeichnungen: Fadenflossen-Regenbogenfisch, Filigran-Regenbogenfisch, Prachtregenbogenfisch, Sonnenstrahlfisch oder Werner's Regenbogenfisch. Andererseits wird sowohl Melanotaenia trifasciata als auch Rhadinocentrus ornatus als "Juwelen-Regenbogenfisch" bezeichnet...

Die zweiteilige wissenschaftliche Bezeichnung einer Art ist dagegen überall eindeutig. Dem Gattungsnamen (z.B. Melanotaenia) folgt der kleingeschriebene Artname (z.B. boesemani). In einer Gattung sind die nächsten Verwandten (sozusagen die "Geschwisterarten") zusammengefasst.